Fin dal suo esordio, FNOVI ha stigmatizzato che la figura del veterinario aziendale delineata dalla Provincia Autonoma di Trento ha tratteggiato un profilo che differisce in modo sensibile con quella istituita dal Ministero della Salute con il D.M. 7 dicembre 2017.
Il Regolamento di esecuzione della L.P. n.11/2017 n.7 che istituisce la rete di sorveglianza epidemiologica veterinaria e la figura del veterinario aziendale ha violato i limiti della potestà legislativa riconosciuta alla Provincia Autonoma di Trento e ciò nonostante risultasse sancita in materia, nella seduta del 9 novembre 2017, l’intesa della Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome di Trento e di Bolzano.
Risulta illegittima la previsione dell'istituzione di un elenco di “veterinari aziendali” gestito dalla ASL provinciale, anziché dalla FNOVI, come previsto dal D.M. sopra richiamato.