Il CNSA è un organo tecnico-consultivo articolato in due sezioni:
Sezione per la sicurezza alimentare con compiti di consulenza tecnica-scientifica alle amministrazioni che si occupano di gestione del rischio, in materia di sicurezza alimentare, e formula pareri scientifici
Sezione consultiva delle associazioni dei consumatori e dei produttori in materia di sicurezza alimentare che realizza la funzione di confronto tra istituzioni pubbliche e associazioni dei consumatori e dei produttori in materia di sicurezza alimentare