L'organo di governo del sistema è la commissione nazionale (art. 7), composta (art. 10) dal direttore generale delle professioni sanitarie del SSN del ministero della Salute, dal direttore generale dell'Age.na.s., 7 esperti designati dal dicastero e 8 dalla conferenza Stato-Regioni. Ancora, 15 esperti designati dalle Federazioni di ordini, collegi e associazioni delle professioni sanitarie, incluso un esperto designato dalla Federazione nazionale degli ordini dei veterinari.